تبلیغات
بهداشت محیط زیست - ژنتیک و مشخصات
زمین پاک و سالم=زندگی سالم

ساماندهندهٔ همسو

 به بخشی از دی‌ان‌آ یا آران‌ای گفته می‌شود که کارش تنظیم بیان ژنی است که بر روی همان مولکول دی‌ان‌آ جای دارد، یک ساماندهندهٔ همسو هم می‌تواند در بالادست (روی بخش برانگیزنده یا بالاتر) چیدمان رمز ژنی باشد که ساماندهی‌اش می‌کند، جای داشته باشد، هم می‌تواند در پایین‌دست آن باشد، و هم می‌تواند در یکی از دو بخش رمزخوانی‌نشده باشد.

ساماندهی بیان ژن یا ساماندهی ژن

به فرآیندهایی می‌گویند که در یاخته‌ها برای ساماندهی روند پیدایش فرآورده‌های ژن‌ها، به کار برده می‌شوند. با اینکه آران‌ای هم می‌تواند فرآوردهٔ یک ژن ساختاری باشد، ولی بیشتر فرآیندهای شناخته‌شده در ساماندهی بیان ژن، مربوط به چگونگی ساماندهی ژن‌هایی بوده است که به پیدایش پروتئین‌ها می‌انجامند.

ساماندهندهی ناهمسو

هنگامی رخ می‌دهد که تنظیم بیان ژن بر روی یک دی‌ان‌آ یا آران‌ای، از روی مولکول دیگری جدا از آنها انجام پذیرد،

به بخشی که این ساماندهی را انجام می‌دهد، ساماندهندهٔ ناهمسو می‌گویند. ساماندهندهٔ ناهمسو، توالی دی‌ان‌ایی است که دارای رمزی می‌باشد که سرانجام پروتئینی را پدید می‌آورد که ساماندهی ژن دیگری را بر روی مولکول دی‌ان‌ایی دیگر انجام می‌دهد.

سمت و سو

 در زیست شناسی مولکولی و زیست شیمی به جهت‌گیری دو سر یک رشته از اسید نوکلئیک بر می‌گردد. در آیین نامگذاری ترکیبهای شیمیایی، اتمهای کربن در حلقهٔ شکری نوکلئوتید شماره‌گذاری شده‌اند. هر رشتهٔ دی‌ان‌ای یا آران‌ای دارای یک پایانهٔ '۵ و یک پایانهٔ '۳ می‌باشد که این دو از روی جایگاه کربن بر روی حلقهٔ دی اکسی ریبوز و یا ریبوز آنها نامگذاری شده‌اند. موقعیت‌های بالادست و پایین‌دست در دی‌ان‌ای و آران‌ای هم بر اساس همین سمت و سو تعیین می‌شوند.

جستجو

این یک مثال از شبه گره واقع در RNA انسان است. دنباله از.[۱]
ساختار سوم .RNA تلومراز انسان. backbone. فایل PDB بر مبنای پی‌دی‌بی 1YMO.

یک شبه گره یا pseudoknot یک ساختار دوم اسید نوکلئیک با حداقل دو حلقه دنباله یا stem loop است که در آن بخشی ار یک دنباله (stem) در میان دو بخش از دیگری قرار گرفته است. شبه گره اولین بار در سال ۱۹۸۲ در ویروس موزاییک زرد شلغم (turnip yellow mosaic virus) شناسایی شد. شبه گره ها به صورت ترکیب سه بعدی گره تا می شوند ولی گره های هندسی واقعی نیستند.

پیش بینی و معرفی

ترکیب ساختاری شبه گره به خاطر حساسیت متن و طبیعت پیچیده با محاسبات بیولوژیکی قابل تشخیص نیست. بازهای جفت شده در شبه گره ها تودرتو نیستند، بلکه بازهای جفت شده ای هستند که در آن بخشی از دنباله با بخش دیگر آن هم پوشانی دارند. این موضوع پیش بینی وقوع و حضور شبه گره را در دنباله اسیدریبونوکلئیک (RNA) به کمک روش های برنامه ریزی پویا (Dynamic Programming)سخت می کند، این روش ها بر مبنای سیستم امتیاز دهی بازگشتی برای شناسایی بازهای جفت شده عمل می کنند و عموما قدرت تشخیص شبه گره را ندارند. روش های جدید بر مبنای گرامرهای تصادفی مستقل از متن (stochastic context-free grammars) نیز مشکل روش های قبلی را دارند. روش های رایج پیش بینی ساختار دوم مانند Mfold و Pfold نیز ساختار شبه گره را تشخیص نمی دهند. امکان تشخیص کلاس های محدودی از شبه گره ها به کمک روش های برنامه ریزی پویا وجو دارد، اما این روش ها دقیق نیستند و از لحاظ پیچیدگی محاسباتی بدتر از الگوریتم های با عدم تشخیص شبه گره هستند. .مسئله پیش بینی ساختار دوم با کمترین انرژی آزاد یک مسئله ان‌پی کامل است.

مفهوم زیستی

برخی از پردازش های زیستی مهم به مولکول اسید ریبونوکلئیک (RNA) تکیه دارند و این مولکول از شبه گره ها تشکیل شده است. برای مثال مولفه اسید ریبونوکلئیک تلومراز (Telomerase RNA component) شامل یک شبه گره است که نقش آن بر عهده دارد. برخی از ویروس ها از ساختار شبه گره استفاده می کنند تا الگویی مانند tRNA به خود بگیرند و بتوانند به سلول میزبان نفوذ کنند.نواحی شبه گره در Rnase P از مناطق کلیدی در کل تکامل است.

مولکول اسید ریبونوکلئیک (RNA) در ساختار سوم خود تعداد قابل توجهی شبه گره دارد.

  -------------- ----------- -----------
صفحات
نویسندگان
برچسب ها
نظر سنجی
آیابرای نویسندگی و طراحی وتشکیل انجمن می توانید دست دوستی داده و با ماهمکاری کنید؟



دیگر موارد
تعداد مطالب :
تعداد نویسندگان :
آخرین بروز رسانی :
بازدید امروز :
بازدید دیروز :
بازدید این ماه :
بازدید ماه قبل :
بازدید کل :
آخرین بازدید :

Google

در این وبلاگ
در كل اینترنت
 ------------------------------------------

برای نمایش تصاویر گالری كلیك كنید


دریافت كد گالری عكس در وب

-------------------- -------------- --- تماس با ما ------------------------ ---------------------------
 ------------------------
weblogbartar.ir
weblogbartar.ir
------------------ -------------------------




------------------------------
Google

در این وبلاگ
در كل اینترنت
------------------------------------
-------------------------------- ------------------------------- -----------------------------

بهداشت محیط زیست

-----------------------------

بهداشت محیط زیست

------------------------------ --------------------------------
--------------------------
--------------------------------- تماس با ما ------------------------